LFSS 2026 et arrêts de travail : tout ce qui change pour les salariés

La loi de financement de la sécurité sociale 2026 (loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025) plafonne, à compter du 1er septembre 2026, la durée des arrêts de travail prescrits par les médecins et sages-femmes : 31 jours maximum pour une primo-prescription, 62 jours pour une prolongation. Au-delà, le prescripteur doit saisir l'avis du médecin-conseil de l'Assurance maladie (décret n° 2026-499 du 12 juin 2026).

La LFSS 2026 instaure un plafonnement des arrêts de travail pour maladie ordinaire, applicable à compter du 1er septembre 2026. La durée de prescription initiale ne peut excéder 31 jours et la prolongation est limitée à 62 jours (décret n° 2026-498 du 12 juin 2026). Trois décrets d'application, publiés le 12 juin 2026, précisent le cadre réglementaire : plafonds de durée, mécanisme de saisine du médecin-conseil et régime spécifique des accidents du travail. Cet article détaille le contenu de cette réforme, son calendrier précis et son impact concret pour les salariés du régime général.

Ce que prévoit la LFSS 2026 sur les arrêts de travail

La loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 (loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025) introduit, par son article 81, un encadrement inédit de la durée des arrêts de travail prescrits pour maladie ordinaire. L'objectif affiché par le législateur est double : maîtriser la progression des indemnités journalières (IJ) versées par l'Assurance maladie et responsabiliser l'ensemble des acteurs : médecins prescripteurs, sages-femmes et assurés sociaux : dans la gestion des interruptions de travail.

Concrètement, la loi habilite le pouvoir réglementaire à fixer par décret les durées maximales de prescription. L'entrée en vigueur est fixée au 1er septembre 2026, laissant aux professionnels de santé et aux organismes de sécurité sociale un délai d'adaptation de plusieurs mois après la promulgation de la loi.

Le Conseil constitutionnel, saisi par des parlementaires, a validé l'essentiel du dispositif dans sa décision n° 2025-899 DC du 30 décembre 2025. La seule réserve émise a porté sur la nécessité de clarifier la notion d'« incapacité de travail » ouvrant droit au versement des indemnités journalières : clarification intégrée dans la version finale du texte. La loi ne supprime pas le pouvoir d'appréciation médicale : le médecin reste libre d'évaluer la durée nécessaire au regard de l'état de santé du patient. Il doit simplement inscrire sa prescription dans les plafonds réglementaires, sauf à solliciter un avis complémentaire.

Le texte de loi : article 81 de la LFSS 2026

L'article 81 de la loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 modifie le code de la sécurité sociale pour y insérer un nouvel article L. 162-1-7-1. Ce dernier prévoit que la durée des arrêts de travail pour maladie prescrits par un médecin ou une sage-femme ne peut excéder des plafonds fixés par décret. Le texte distingue clairement deux hypothèses : la prescription initiale (premier arrêt pour un épisode donné) et la prolongation (renouvellement de l'arrêt au-delà du terme initial).

La loi organise également un mécanisme de saisine du médecin-conseil de l'Assurance maladie lorsque le prescripteur estime nécessaire de dépasser le plafond de renouvellement. Cette saisine permet d'obtenir un avis médical avant toute prolongation au-delà de la durée réglementaire, garantissant que les cas les plus lourds ne soient pas laissés sans couverture.

Qui est concerné : médecins, sages-femmes et assurés du régime général

Le dispositif de plafonnement s'applique aux prescriptions établies par les médecins (généralistes et spécialistes) et les sages-femmes. Ces dernières, dont la compétence en matière d'arrêts de travail a été progressivement élargie, sont explicitement visées par l'article 81.

Côté assurés, la réforme concerne l'ensemble des salariés relevant du régime général de la Sécurité sociale. Les travailleurs indépendants, les professionnels libéraux relevant d'autres régimes, ainsi que les fonctionnaires, obéissent à des règles de prise en charge distinctes (voir la section dédiée aux fonctionnaires ci-dessous). Les arrêts de travail consécutifs à un accident du travail ou une maladie professionnelle suivent également un régime spécifique, précisé par le décret n° 2026-501 du 12 juin 2026.

Arrêt de travail nouvelle loi : les plafonds de durée au 1er septembre 2026

Les plafonds applicables à compter du 1er septembre 2026 résultent du décret n° 2026-498 du 12 juin 2026. Ce texte définit, dans le code de la sécurité sociale, les durées maximales que les prescripteurs doivent respecter pour tout arrêt de travail relevant du régime général.

Ces plafonds s'imposent à la prescription médicale, mais ne modifient pas les droits existants en matière de durée d'indemnisation : un assuré conserve ses droits à IJ dans la limite des durées légales (360 jours sur 3 ans pour une affection de longue durée, par exemple). Le plafonnement encadre l'acte de prescription lui-même, en imposant au médecin de réévaluer la situation au-delà des seuils fixés.

Le décret n° 2026-499, publié le même jour, vient compléter le dispositif en organisant la saisine du médecin-conseil de l'Assurance maladie. Ce mécanisme est déclenché dès que le prescripteur envisage un renouvellement au-delà du seuil de 62 jours : il ne s'agit pas d'une interdiction de prolonger, mais d'une obligation de solliciter un avis médical préalable. En pratique, le médecin-conseil peut soit confirmer la nécessité médicale de la prolongation, soit recommander une alternative (reprise à temps partiel thérapeutique, adaptation de poste, etc.).

Primo-prescription : 31 jours maximum

Pour tout arrêt de travail initial, la durée maximale de prescription est fixée à 31 jours (service-public.fr, 2026). Ce plafond s'applique quel que soit le motif médical de l'interruption de travail : affection bénigne, intervention chirurgicale programmée ou pathologie plus lourde. Le médecin reste libre de prescrire une durée inférieure, adaptée à la situation clinique du patient.

Le décompte s'effectue en jours calendaires, sans distinction entre jours ouvrés et non ouvrés. Un arrêt prescrit le 1er octobre 2026 pourra ainsi courir jusqu'au 31 octobre 2026 au plus tard. Passé cette date, si l'état de santé du patient nécessite une prolongation, le médecin devra établir un nouvel arrêt de prolongation, soumis au second plafond de 62 jours.

Prolongation : 62 jours maximum

La prolongation d'un arrêt de travail est plafonnée à 62 jours (service-public.fr, 2026). Ce plafond s'apprécie par renouvellement : chaque acte de prolongation successif ne peut excéder cette durée. Le médecin peut donc, en pratique, renouveler l'arrêt plusieurs fois, tant que chaque renouvellement reste dans la limite des 62 jours.

Toutefois, le décret n° 2026-499 impose une condition procédurale importante : dès le premier renouvellement qui porterait la durée totale de l'arrêt au-delà du seuil de 62 jours cumulés (incluant la primo-prescription de 31 jours), le prescripteur doit saisir pour avis le médecin-conseil de l'Assurance maladie. Cette saisine n'est pas une demande d'autorisation à proprement parler, mais un avis médical destiné à objectiver la nécessité de poursuivre l'arrêt.

Au-delà des plafonds : saisine médicale obligatoire (décret n° 2026-499)

Le décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 précise les modalités de saisine du médecin-conseil. Le prescripteur qui estime qu'une prolongation au-delà du plafond de renouvellement est médicalement justifiée doit transmettre les éléments cliniques pertinents au service médical de la caisse d'Assurance maladie.

Le médecin-conseil dispose alors d'un délai pour rendre son avis. Ce mécanisme poursuit deux finalités : prévenir les arrêts de travail indûment prolongés et, dans les situations médicales complexes, sécuriser le parcours de soins du patient en orientant si besoin vers d'autres dispositifs (mi-temps thérapeutique, invalidité, affection de longue durée). La saisine ne suspend pas le versement des indemnités journalières pendant la durée de l'instruction.

L'essentiel

• Le 1er septembre 2026, la LFSS 2026 plafonne les arrêts de travail pour maladie ordinaire à 31 jours en primo-prescription et 62 jours en prolongation.
• Trois décrets du 12 juin 2026 précisent les plafonds (n° 2026-498), la saisine du médecin-conseil (n° 2026-499) et le régime des accidents du travail (n° 2026-501).
• Le plafond mensuel de la Sécurité sociale s'établit à 4 005 € en 2026, avec un gain journalier plafonné à 220 €.
• Le Conseil constitutionnel a validé le dispositif le 30 décembre 2025, sous réserve de clarification de la notion d'incapacité de travail.
• Les fonctionnaires conservent leurs règles statutaires propres ; la LFSS 2026 ne modifie pas directement leur régime de congés maladie.

Arrêt de travail combien de temps : cas pratique chiffré d'un salarié en arrêt prolongé

Prenons un cas concret pour illustrer l'articulation des plafonds et le calcul des indemnités journalières dans le cadre des nouvelles règles. Ce scénario repose sur les paramètres réglementaires 2026 et les données de plafonnement issues des décrets d'application.

Un salarié du secteur privé, rémunéré 3 200 € brut mensuels, est placé en arrêt de travail pour maladie ordinaire par son médecin généraliste le 1er octobre 2026. Le praticien prescrit un arrêt initial de 31 jours, soit la durée maximale autorisée, couvrant la période du 1er au 31 octobre 2026. Le salarié transmet son avis d'arrêt de travail à sa caisse d'Assurance maladie dans le délai légal de 48 heures.

À l'issue de cette période, le médecin constate que l'état de santé du patient nécessite une prolongation. Il établit un arrêt de prolongation de 30 jours, du 1er au 30 novembre 2026 : durée qui respecte le plafond de 62 jours fixé par le décret n° 2026-498. La durée totale atteint 61 jours (31 + 30), ce qui reste inférieur au seuil déclenchant la saisine du médecin-conseil (62 jours de renouvellement).

Si l'incapacité persiste au-delà, le médecin devra saisir le médecin-conseil pour toute nouvelle prolongation (décret n° 2026-499). Cette étape impose de produire un dossier médical argumenté, faute de quoi l'Assurance maladie pourrait suspendre le versement des IJ.

Scénario : arrêt initial puis prolongation après le 1er septembre 2026

Le scénario ci-dessus montre que la combinaison des deux plafonds : 31 jours en primo-prescription, puis 62 jours par prolongation : permet des durées d'arrêt significatives sans obstacle procédural immédiat. En pratique, un salarié peut bénéficier de plusieurs mois d'arrêt maladie avant que le médecin-conseil ne soit saisi, pour autant que les renouvellements successifs respectent le plafond unitaire de 62 jours.

L'erreur serait de croire que le médecin peut contourner le système en rédigeant un nouvel arrêt initial au lieu d'une prolongation formelle. Une telle pratique est contraire à la finalité du dispositif et expose le prescripteur à des signalements, ainsi que l'assuré à un possible refus de prise en charge des IJ.

Calcul indicatif des indemnités journalières dans la limite du plafond SS 2026

Les indemnités journalières de l'Assurance maladie sont calculées sur la base des salaires bruts des 3 derniers mois (ou 12 mois selon l'activité), dans la limite du plafond mensuel de la Sécurité sociale fixé à 4 005 € en 2026 (Legifrance). Le gain journalier de base est plafonné à 220 € (Legifrance).

Pour un salarié percevant un salaire brut de 3 200 €, le gain journalier de base s'élève à environ 105,21 € (3 200 × 3 / 91,25). L'IJ brute correspond à 50 % de ce gain, soit 52,60 € par jour. Après déduction des prélèvements sociaux (CSG 6,2 % et CRDS 0,5 %), l'IJ nette est d'environ 49,10 € par jour, soit approximativement 1 473 € pour un mois de 30 jours. Le PASS 2026, relevé de 2 %, s'établit à 48 060 € annuels (village-justice.com, novembre 2025).

Il est important de noter que ces montants, et d'autres comme le plafond logement social 2026 : ressources à ne pas dépasser, sont soumis à des révisions annuelles et peuvent impacter divers aspects de la vie quotidienne et administrative des citoyens.

Les erreurs à éviter face aux nouvelles règles sur les arrêts maladie

Le plafonnement des durées de prescription introduit par la LFSS 2026 crée un cadre contraignant pour les prescripteurs. Deux confusions principales risquent d'entraîner des conséquences défavorables pour les assurés, parfois méconnues jusqu'à ce que le refus de prise en charge soit notifié.

La première erreur consiste à croire que le médecin peut rédiger un deuxième arrêt initial au lieu d'une prolongation formelle, afin de « remettre le compteur à zéro » et bénéficier d'un nouveau délai de 31 jours. En pratique, la caisse d'Assurance maladie analyse la continuité médicale des prescriptions. Un second arrêt établi pour le même motif pathologique, sans interruption effective de l'incapacité, sera requalifié en prolongation et soumis au plafond de 62 jours. Le risque pour l'assuré est direct : refus de prise en charge des IJ, obligation de rembourser les sommes indûment perçues, et signalement du prescripteur au service médical.

La seconde confusion fréquente porte sur la distinction entre maladie ordinaire et accident du travail. Les règles de durée ne sont pas interchangeables : un arrêt consécutif à un accident du travail ne relève pas des mêmes plafonds que la maladie ordinaire. Appliquer les mauvaises dispositions légales peut entraîner des erreurs de calcul des IJ et, pour l'employeur, des risques de redressement.

Confondre renouvellement et nouvel arrêt initial : une erreur aux conséquences réelles

La tentation de fractionner un arrêt long en plusieurs arrêts initiaux successifs est un piège classique. La réglementation ne s'y trompe pas : la caisse primaire d'Assurance maladie (CPAM) rapproche les prescriptions et vérifie la continuité du motif médical.

Le décret n° 2026-499 renforce ce contrôle en imposant la saisine du médecin-conseil dès que le seuil de renouvellement est atteint. Toute tentative d'éluder cette procédure expose l'assuré à une suspension des IJ et, si la fraude est caractérisée, à des pénalités financières. Le médecin prescripteur engage également sa responsabilité ordinale et conventionnelle.

Accident du travail vs maladie ordinaire : deux régimes distincts après la LFSS 2026

Le décret n° 2026-501 du 12 juin 2026 fixe la durée maximale pendant laquelle l'indemnité journalière est servie en cas d'arrêt de travail faisant suite à un accident du travail ou une maladie professionnelle. Ce régime dérogatoire n'est pas soumis aux plafonds de 31 et 62 jours applicables à la maladie ordinaire.

Les victimes d'accidents du travail conservent des droits à IJ spécifiques, avec une prise en charge à 100 % du salaire journalier de base (contre 50 % en maladie ordinaire) et sans application du délai de carence de 3 jours. Le décret n° 2026-501 organise la durée maximale dans ce cadre, sans la confondre avec les plafonds de prescription de l'article 81 de la LFSS 2026.

Modifications pour les fonctionnaires et les arrêts maladie en 2026

Les règles de plafonnement des arrêts de travail issues de la LFSS 2026 concernent principalement les assurés du régime général de la Sécurité sociale. Les fonctionnaires relèvent, pour leur part, de dispositions spécifiques à la fonction publique, qui n'ont pas été modifiées en substance par la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026.

Le décret n° 2026-226 du 30 mars 2026 est venu modifier les conditions de prise en charge des frais de santé pour certains assurés, mais ce texte ne porte pas sur la durée des arrêts de travail des fonctionnaires. Il concerne des aspects distincts de la couverture santé. La fonction publique d'État, territoriale et hospitalière conserve ses règles propres en matière de congés de maladie ordinaire, de longue maladie et de longue durée, respectivement fixées par les titres II, III et IV du statut général.

Dans les faits, les agents publics restent soumis aux obligations déclaratives et aux contrôles exercés par leur administration employeur, en complément des contrôles de l'Assurance maladie lorsqu'ils relèvent également du régime général pour le versement des IJ.

Régime général vs fonction publique : des règles de prescription différentes

La distinction fondamentale entre les deux régimes tient à la nature de l'employeur. Dans le secteur privé, l'Assurance maladie verse les IJ directement au salarié après un délai de carence de 3 jours. Dans la fonction publique, l'employeur public assure le maintien du traitement pendant une période variable selon le statut et l'ancienneté de l'agent.

Si l'agent fonctionnaire bénéficie également du versement d'IJ par l'Assurance maladie (cas des agents affiliés au régime général), les plafonds de durée de prescription de la LFSS 2026 lui sont en principe applicables, car ils s'imposent au médecin prescripteur indépendamment du statut de l'assuré. L'articulation entre maintien du traitement par l'employeur public et versement des IJ par la Sécurité sociale peut alors soulever des difficultés pratiques, notamment lorsque le médecin-conseil est saisi en application du décret n° 2026-499.

Sources

• legifrance.gouv.fr
• legifrance.gouv.fr
• legifrance.gouv.fr
• legifrance.gouv.fr
• conseil-constitutionnel.fr
• village-justice.com
• village-justice.com
• legifrance.gouv.fr

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